Muzeu Historik i Shkodrës ka grumbulluar tashmë një eksperiencë të mirë përsa i përket organizimit të veprimtarive shkencore,duke bashkëpunuar ngusht me institucione shkencore- kulturore, intelektualë të qytetit si dhe studjues vendas apo të huaj që hulumtojnë për historinë e traditat tona të pasura lokale.

Veprimtaria kryesore në këtë sferë mbetet Seminari Ndërkombëtar "Shkodra në Shekuj", i cili në vitin 2002 realizoi me sukses tubimin e pestë periodik të tij.

Deri tani institucioni ka arritur të hedhë në shtyp materialet e plota të katër seminareve të para (gjithësejt 8 vëllime) dhe po përgatitet të hedhë në shtyp ato të seminarit të pestë.

Një aspekt tjetër është organizimi i simpoziumeve e konferencave shkencore që hedhin dritë të re rreth ngjarjeve e personaliteteve të historisë, kulturës e artit shkodran e kombëtar, materialet e të cilave finalizohen në botime monografike.

Muzeu vazhdon botimin e revistës shkencore- divulgative "Kumtari" që ka nisur në vitet '70 dhe ka arritur në numrin e 8-të të saj.

Hapat e parë janë hedhur edhe në botimin e guidave e materialeve të tjera promocionuese të karakterit turistik, si kontribut në zhvillimin e turizmit në qytetin e Shkodrës e zonën përreth.Ndër këto shënojmë : "Shkodra-guidë"(1994), albumi me kartolina "Fletore të ikonografisë shqiptare (I)" dhe guida,"Kështjella Rozafa".

 Në vitin 2002, me rreth 150 objektet më prezantuese të trashëgimisë tonë arkeologjike u hap dhe qëndroi për 9 muaj në qytetin Arona e më pas në atë të Como-s në Itali ekspozita e emërtuar "Iliria",që ngjalli shumë interes.

Me këtë rast u publikua në italisht dhe një guidë e plotë arkeologjike për trevën e Shkodrës, ku përfshihen të gjitha vendbanimet, varrezat, kështjellat e monumentet e tjera, nga Paleoliti i mesëm në Mesjetën e vonë. Aty janë prezantuar gjithashtu të kataloguar të gjitha eksponatet e prezantuara në atë ekspozitë.Muzeu i Shkodrës është pjesë e rrjetit muzeal Ballkanik ku bëjnë pjesë Muzeu i Tiranës , Prishtinës , Shkupit, Ohrit, Gjakovës, Sarajevës, Zenicës, Beogradit, Novi sadit, Banja Lukës.Aktiviteiti ketij rrjeti udhëhiqet dhe mbeshtetet nga CHëB (Cultural Heritage without Borders) me qendër në Stokholm, Suedi.Si veprimtari kryesore ne këtë kuadër përmendin serin e Workshopeve të shumta kualifikuese dhe organizimin e ekspozitave te përbashkëta me tematika te ndryshme, e çka është më kryesorja mbështetja me projekte konkrete e Muzeumeve në funksion te adaptimit të tyre për të gjitha kategoritë ë vizitorëve dhe përmirësimin e gjendjes muzeale. Muzeu mbeshtet dhe aktivite të tjera si ekspozita artesh figurative dhe oda muzikore. Në punën e përditshme muzeu mbështet shkollat fillore ato te mesme dhe stafet e universiteteve me materiale divulgative dhe informacion mbi historinë për programet mësimore që lidhen me kulturën dhe trashigiminë e qytetit dhe atë kombëtare ne përgjithësi.